浸润性突眼起病有快有慢，病情的发展也不尽相同，往往是双侧性的，但受累的程度不完全相等，可以一侧较重，另一侧较轻。浸润性突眼有时和甲亢的病情不在同一个水平上，即甲亢症状很明显时浸润性突眼不一定很重，甲亢症状减轻后浸润性突眼不一定随之减轻。
有些因素可能使浸润性突眼的症状加重：①严重甲亢得不到及时治疗。②甲亢控制过猛。③严重浸润性突眼采用手术治疗甲亢。④同位素治疗甲亢。因此，甲亢的治疗对浸润性突眼的病情有明显的影响，故需及时恰当地治疗甲亢，才能避免加重浸润性突眼。
浸润性突眼如果得到适当的保护和治疗，一般在半年至3年内病情可以逐渐稳定及缓解，软组织受累的症状和体征往往消失或明显减轻，但常遗留一些异常情况，如眼睑挛缩及肥厚，眼球突出及眼肌纤维化。5级和6级浸润性突眼遗留问题往往比较多，因为有些病变已经难以完全逆转。